Projets de recherche

Inférence de connectome fonctionnel avec apprentissage profond à partir d'imagerie calcique

Description du projet

Au centre de recherche CERVO, nous développons une méthodologie expérimentale et technologique générant des données à grande échelle de l'activité neuronale du poisson zèbre. L'activité de plusieurs centaines, voire de milliers de neurones est enregistrée par microscopie. Ces images sont analysées par segmentation pour produire des séries temporelles. Dans une première étude utilisant des données simulées, nous avons comparé différentes méthodes d'inférence de connectome fonctionnel, c'est-à-dire la reconstruction du réseau de connexions entre les neurones à partir de leurs profils d'activité. Les méthodes utilisant l'apprentissage profond ont surpassé les méthodes théoriques classiques.

Le projet d'études supérieures proposé prévoit la poursuite de ce travail d'analyse en appliquant les outils logiciels développés à des données expérimentales acquises par des collègues neurobiologistes. Il faudra procéder à l'entraînement de réseaux de neurones, à la validation des résultats obtenus et au développement d'outils de visualisation. D'autres types d'analyses statistiques seront aussi intégrés pour extraire des groupes de neurones. Les serveurs de Calcul Canada seront utilisés.

Ce projet de recherche s'inscrit dans le sous-projet 1.2 La résilience des réseaux complexes: identifier les indicateurs critiques pour une intervention ciblée, du programme scientifique de Sentinelle Nord (https://sentinellenord.ulaval.ca/fr/recherche/la-resilience-des-reseaux-complexes-identifier-les-indicateurs-critiques-pour-une-intervention).

Domaines de recherche

- Informatique
- Neurobiologie
- Biophotonique
- Mathématique
- Théorie des systèmes complexes

Directeurs de recherche

Simon Hardy
Patrick Desrosiers

Milieu de recherche

Centre de recherche CERVO; Département d'informatique et de génie logiciel, Université Laval

Site web


Programmes d’études associés

Doctorat en informatique

Description du programme

Soutien financier disponible*

Financement en lien avec le projet de recherche

Une bourse sera offerte à l'étudiant correspondant à son niveau.

Financement en lien avec le programme d'études

Bourses de réussite

Étapes
Prime 
Prime de progression
7 x 500$
Examen doctoral ou séminaire de présentation 750$
Examen doctorat, séminaire ou conférence
1 000$
Publication
750$
Communication
1 000$
Dépôt initial
1 000$*
Total 8 500$

* Un bonus de 500 $ sera ajouté à la prime à la diplomation si le dépôt initial est effectué avant la session qui précède la session maximale d’admissibilité.

Financement en lien avec l'Université Laval

Sources de financement Montant
Bourse d’admission au doctorat de l’Université Laval  2 000$
Bourses de leadership et développement durable 
3 x 10 000$
Bourse de mobilité Stage Hors-Québec  1 000$
Bourse d’études supérieures des organismes subventionnaires     21 000$ à 50 000$
Répertoire électronique des bourses de troisième cycle 500$ à 50 000$

Programme de bourses d’exemption des droits de scolarité supplémentaires pour étudiants étrangers: bourse permettant à un candidat étranger de payer les mêmes droits de scolarité qu’un candidat canadien, ce qui représente une économie globale d’environ 30 000$. À noter que ceux qui bénéficient de ce programme ne recevrons pas la bourse d'admission au doctorat directement. Votre bourse sera intégrée au Programme d'exemption des droits de scolarité majorés afin de vous permettre de payer le tarif québécois.

* Présentation du soutien financier maximal disponible. Certaines conditions s'appliquent. Sujet à changement sans préavis. Pour plus d'information, renseignez-vous auprès des organismes responsables.

Maîtrise en informatique - avec mémoire

Description du programme

Soutien financier disponible*

Financement en lien avec le projet de recherche

Une bourse sera offerte à l'étudiant correspondant à son niveau.

Financement en lien avec le programme d'études

Bourses de réussite

Étapes Prime
Activité évaluée
650$
Prime à l'excellence
1 000$
Total 1 650$

Financement en lien avec l'Université Laval

Sources de financement Montant
Bourses de leadership et développement durable 2 x 5 000$
Bourse de mobilité Stage Hors-Québec
1 000$
Bourses d’études supérieures des organismes subventionnaires
14 100$ à 21 000$
Répertoire électronique des bourses de deuxième cycle
500$ à 50 000$

Bourses d'excellence à la réussite pour les étudiants internationaux: Plusieurs programmes sont admissibles aux bourses d'excellence à la maîtrise pour les étudiants de l'Afrique et d'Europe excluant la France. Cette bourse d'une valeur annuelle de 7000$ est attribuée selon des critères d'excellence universitaire. * Présentation du soutien financier maximal disponible. Certaines conditions s'appliquent. Sujet à changement sans préavis. Pour plus d'information, renseignez-vous auprès des organismes responsables.

Profil recherché

- Informatique
- Physique
- Génie informatique et systèmes ordinés

Exigences et conditions

Début dès l'été 2019 si disponible.

Documents exigés

- Lettre de motivation
- Curriculum vitæ
- Relevé de notes

Pour plus d'information

Simon Hardy
Professeur agrégé
Sentinelle Nord
simon.hardy@ift.ulaval.ca