Flavie Lavoie-Cardinal

Professeure agrégée
Faculté de médecine
Département de psychiatrie et de neurosciences

Flavie.Lavoie-Cardinal@cervo.ulaval.ca

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Disponible pour l'encadrement

Domaines de recherche

  • Neuroscience moléculaire
  • Neuroscience cellulaire
  • Neurosciences, aspects biologiques et chimiques, n.c.a.
  • Intelligence artificielle, n.c.a.
  • Optique non linéaire et spectroscopie
  • Instrumentation optique (y compris détection et métrologie)
  • Électromagnétique, photonique et optique, n.c.a.

  • Centre de recherche CERVO (Affilié à l’Université Laval)
  • Centre de recherche en Robotique, Vision et Intelligence Machine
  • Centre thématique de recherche en neurosciences
  • Institut Intelligence et Données

Chaire VIR.AL : Approches innovantes pour l’évaluation et la gestion intégrée du risque en virologie alimentaire

Programme: Chaire de recherche en partenariat

Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 29 mai 2026 au 31 mai 2031

Pushing the boundaries of super-resolution optical microscopy for molecular imaging in live tissue

Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)

Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 avril 2026 au 31 mars 2031

From Synaptic Nanodomains to Cosmic Ripples: Shared Frontiers in Novel Signal Detection

Programme: Fonds Nouvelles frontières en recherche - Volet Exploration

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 31 mars 2026 au 30 mars 2028

Fusion multimodale et modèles fondationnels pour l’étude des réponses au trauma et de la psychopathologie

Programme: Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université de Montréal

Du 1 mars 2026 au 31 mars 2027

Advanced Optical Nanoscopy Platform for Neuroscience

Programme: Subventions de Soutien aux Plateformes

Organisme(s) subventionnaire(s): CIUSSS-CN CERVO, Université McGill, Brain Canada Foundation, École polytechnique de Montréal

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 mars 2026 au 28 février 2029

Renforcer le pouvoir d’agir des personnes aînées à faible littératie en RPA : le coaching décisionnel par l'humain et l'intelligence artificielle

Programme: Réseaux thématiques de recherche

Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 septembre 2025 au 30 août 2027

Microscope multimodale de la structure et la fonction synaptique guidée par l'IA et l'astrophysique

Programme: Programme NOVA- FRQNT-CRSNG pour chercheurs et chercheuses de la relève

Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 mars 2025 au 31 mars 2028

Development of a new accessible high-throughput, long-duration imaging technology for the life sciences

Programme: Subvention catalyseur : Mise au point et validation de nouvelles techniques et technologies biomédicales

Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université McGill

Du 1 décembre 2024 au 30 novembre 2026

Canada Research Chair in Intelligent Nanoscopy of Cellular Plasticity

Programme: Chaires de recherche du Canada - Fonctionnement

Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 novembre 2024 au 31 octobre 2029

Development of a foundation model for multimodal neurophotonics data

Programme: Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université de Montréal

Du 1 octobre 2024 au 31 mars 2027

PandemicStop-AI: for an accelerated response to pandemics

Programme: Fonds de recherche biomédical du Canada (FRBC)

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université de Montréal

Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

Union Neurosciences et Intelligence Artificielle - Québec

Programme: Regroupements stratégiques NT

Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes, Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université de Montréal

Du 1 avril 2022 au 31 mars 2028

Optical Nanoscopy of cytoskeletal and synaptic remodeling in neurons

Programme: Subvention Projet

Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 31 mars 2021 au 31 mars 2027

Financements des 2 dernières années

Uncovering the nanoscale underpinnings of cognitive decline

Programme: Futurs leaders canadiens de la recherche sur le cerveau

Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 septembre 2023 au 31 août 2025

Repousser les frontières de l'étude de la biologie à l'échelle nanométrique en conditions naturelles

Programme: Fonds d'innovation (FI)

Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), CIUSSS-CN CERVO, Ministère de l'Économie et de l'Innovation et de l'énergie, Ministère de la Santé et des Services sociaux

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 juillet 2023 au 31 mars 2026

Découverte d'antimicrobiens ciblant la biogenèse et la perméabilité de la membrane externe par microscopie à haut débit basée sur l'intelligence artificielle

Programme: Programme bilatéral de recherche collaborative Québec - Communauté française de Belgique

Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université de Montréal

Du 1 septembre 2022 au 31 août 2025

The exposome-microbiota-brain axis under the microscope to tackle Environment-Health Interactions in the North

Programme: Sentinelle Nord - Deuxième appel à projets majeurs

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 novembre 2020 au 31 décembre 2024

Extreme zooming on intestinal permeability and the western-style diet: Unravelling the role of dietary antigens on the prevalence of cardiometabolic and mental health diseases in the North

Programme: Sentinelle Nord - Deuxième appel à projets majeurs

Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 novembre 2020 au 31 décembre 2024

Enabling Identification and Impact of Synaptic Weight in Functional Networks

Programme: Subvention d'équipe : Réseaux Next Generation Networks for Neuroscience

Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 juillet 2020 au 30 juin 2026

Pushing the boundaries of super-resolution optical microscopy for molecular imaging in live tissue

Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)

Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada

Type de financement: Subvention

Établissement tête: Université Laval

Du 1 avril 2019 au 31 mars 2026

  • Andréanne Deschênes, Doctorat en biophotonique
  • Antoine Girard, Doctorat en biophotonique
  • Catherine Bouchard, Doctorat en génie électrique
  • Chloé Morin, Maîtrise en génie électrique - avec mémoire
  • Elisa Corti, Stage postdoctoral en biophotonique
  • Frédéric Beaupré, Doctorat en biophotonique
  • Hadi Moazen, Doctorat en informatique
  • Kamylle Thériault, Maîtrise en médecine moléculaire - avec mémoire
  • Kamylle Thériault, Doctorat en médecine moléculaire
  • Laurence-Taïsha Fontaine, Maîtrise en informatique - avec mémoire
  • Mathis Rezzouk, Doctorat en génie électrique
  • Xavier Mathieu, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire

Encadrements des 5 dernières années

  • Albert Michaud-Gagnon, Maîtrise en génie électrique - avec mémoire
  • Alexis Lebrun, Doctorat en biophotonique
  • Alexy Pelletier-Rioux, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire
  • Anthony Bilodeau, Doctorat en biophotonique
  • Antoine Girard, Maîtrise en neurosciences - avec mémoire
  • Antoine Séverin Ollier, Maîtrise en génie électrique - avec mémoire
  • Benoît Turcotte, Maîtrise en génie électrique - avec mémoire
  • Catherine Bouchard, Maîtrise en génie électrique - avec mémoire
  • Frédéric Beaupré, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire
  • Jean-Michel Bellavance, Maîtrise en neurosciences - avec mémoire
  • Laurence Descombes, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire
  • Owen Ferguson, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire
  • Renaud Bernatchez, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire
  • Roseline Olory Agomma, Stage postdoctoral en informatique
  • Theresa Wiesner, Stage postdoctoral en biophotonique
  • Vincent Boily, Maîtrise en biophotonique - avec mémoire

Travaux de recherche des 5 dernières années

PhenoMe: An interactive AI framework for interpretable, microscopy-driven phenotyping 2026. Aitor González-Marfil, Lenka Backová, Renaud Bernatchez, Iván Hidalgo-Cenalmor, Antoine Dufour, Guillaume Jacquemet, Flavie Lavoie-Cardinal, Ignacio Arganda-Carreras, Estibaliz Gómez-de-Mariscal. DOI 10.64898/2026.10.29.762637

Enhancing STED microscopy via fluorescence lifetime unmixing and filtering in two-species SPLIT-STED Methods in Microscopy, 2026. Andréanne Deschênes, Antoine Ollier, Marie Lafontaine, Albert Michaud-Gagnon, Jeffrey-Gabriel Steavan Santiague, Anthony Bilodeau, Christian Gagné, Paul De Koninck, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1515/mim-2025-0026

Ca2+ transient detection and segmentation with the Astronomically motivated algorithm for Background Estimation And Transient Segmentation (Astro-BEATS) 2026. Bolin Fan, Anthony Bilodeau, Frédéric Beaupré, Theresa Wiesner, Christian Gagné, Flavie Lavoie-Cardinal, Renée Hložek. DOI 10.64898/2026.03.13.711411

Surface-Enhanced Raman Spectroscopy Semi-Quantitative Molecular Profiling with a Convolutional Neural Network Applied Spectroscopy, 2026. Alexis Lebrun, Flavie Lavoie-Cardinal, Denis Boudreau. DOI 10.1177/00037028251377474

Enhancing STED Microscopy via Fluorescence Lifetime Unmixing and Filtering in Two-Species SPLIT-STED 2025. Andréanne Deschênes, Antoine Ollier, Marie Lafontaine, Albert Michaud-Gagnon, Jeffrey-Gabriel Steavan Santiague, Anthony Bilodeau, Christian Gagné, Paul De Koninck, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1101/2025.07.17.661952

A Self-Supervised Foundation Model for Robust and Generalizable Representation Learning in STED Microscopy 2025. Anthony Bilodeau, Frédéric Beaupré, Julia Chabbert, Jean-Michel Bellavance, Koraly Lessard, Andréanne Deschênes, Renaud Bernatchez, Paul De Koninck, Christian Gagné, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1101/2025.06.06.656993

Development of AI-assisted microscopy frameworks through realistic simulation with pySTED Nature Machine Intelligence, 2024. Anthony Bilodeau, Albert Michaud-Gagnon, Julia Chabbert, Benoit Turcotte, Jörn Heine, Audrey Durand, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1038/s42256-024-00903-w

Development of AI-assisted microscopy frameworks through realistic simulation in pySTED 2024. Anthony Bilodeau, Albert Michaud-Gagnon, Julia Chabbert, Benoit Turcotte, Jörn Heine, Audrey Durand, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1101/2024.03.25.586697

Special Section Guest Editorial: Frontiers in Neurophotonics Neurophotonics, 2024. Yves De Koninck, Paul De Koninck, Anna Devor, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1117/1.NPh.11.1.014401

Characterizing the blood–brain barrier and gut barrier with super-resolution imaging: opportunities and challenges Neurophotonics, 2023. Ellen Doney, Renaud Bernatchez, Valérie Clavet-Fournier, Katarzyna A. Dudek, Laurence Dion-Albert, Flavie Lavoie-Cardinal, Caroline Menard. DOI 10.1117/1.NPh.10.4.044410

Addressing annotation and data scarcity when designing machine learning strategies for neurophotonics Neurophotonics, 2023. Catherine Bouchard, Renaud Bernatchez, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1117/1.NPh.10.4.044405

Resolution enhancement with a task-assisted GAN to guide optical nanoscopy image analysis and acquisition Nature Machine Intelligence, 2023. Catherine Bouchard, Theresa Wiesner, Andréanne Deschênes, Anthony Bilodeau, Benoît Turcotte, Christian Gagné, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1038/s42256-023-00689-3

Microscopy analysis neural network to solve detection, enumeration and segmentation from image-level annotations Nature Machine Intelligence, 2022. Anthony Bilodeau, Constantin V. L. Delmas, Martin Parent, Paul De Koninck, Audrey Durand, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1038/s42256-022-00472-w

MICRA-Net: MICRoscopy Analysis Neural Network to solve detection, classification, and segmentation from a single simple auxiliary task 2021. Anthony Bilodeau, Constantin V.L. Delmas, Martin Parent, Paul De Koninck, Audrey Durand, Flavie Lavoie-Cardinal. DOI 10.1101/2021.06.29.448970

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