Un outil de diagnostic qui transforme la culture de la canneberge
La recherche appliquée et le transfert de connaissances scientifiques peuvent contribuer à transformer durablement les pratiques agricoles. Une fructueuse collaboration entre Ocean Spray Canneberge et le laboratoire du professeur Richard Bélanger de l’Université Laval l’illustre bien par le développement d’une nouvelle technologie qui protège mieux cette culture canadienne représentant environ 30% de la production mondiale.
La coopérative agricole Ocean Spray regroupe environ 100 fermes familiales au Canada qui produisent approximativement 180 millions de livres de canneberges (moyenne des cinq dernières années) exportées chaque année dans plus de 100 pays. Contrairement à d’autres maladies qui sont liées à un seul agent pathogène, la PFC peut être causée par douze espèces fongiques différentes.
Les méthodes de détection traditionnelles impliquaient des cultures sur plats d’agar et identifications microscopiques détaillées.« C’était long, imprécis […] certains champignons dominaient sur culture et ça créait des biais », explique le professeur Richard Bélanger, membre du Centre de recherche et d’innovation sur les végétaux de l’Université Laval.
L’innovation par la biologie moléculaire
Pour répondre à cette complexité, son équipe a mis au point un outil moléculaire de diagnostic basé sur la PCR (réaction en chaîne par polymérase), capable de discriminer et d’identifier chaque agent pathogène à partir d’échantillons d’ADN.« C’est tellement plus précis, plus rapide et moins cher [que la méthode traditionnelle] qu’en un après-midi, théoriquement, on peut avoir des résultats qu’on obtenait habituellement en quatre mois », indique le professeur Bélanger.
Lors de sa maîtrise, Matteo Conti a isolé les signatures spécifiques des champignons responsables de la pourriture du fruit et créé des amorces qui permettent de les identifier par PCR: un outil simple à utiliser avec un équipement pas plus gros qu’une machine à café.
Cette innovation a été transférée au laboratoire de diagnostic du ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation (MAPAQ) où les producteurs peuvent envoyer leurs échantillons pour analyse.. « Dans un contexte où le Québec veut asseoir son autonomie alimentaire, développer une expertise et des méthodes plus performantes chez nous, c’est tout à fait logique », précise Matteo Conti, aujourd’hui chercheur en sciences de l’agriculture chez Ocean Spray.
Transfert de connaissances incarné
Son parcours incarne parfaitement le lien entre formation universitaire et application en entreprise. Arrivé de Suisse sans connaître la canneberge, il a découvert ce fruit au fil de ses études aux cycles supérieurs à l’Université Laval. « L’emploi que j’occupe coche beaucoup de cases que je recherchais. Au sein de la coopérative, tout ce qui est fait vient des producteurs pour les producteurs », explique-t-il. Aujourd’hui, il soutient les fermes membres d’Ocean Spray au Québec, au Nouveau-Brunswick et en Nouvelle-Écosse, en menant des recherches appliquées sur le terrain.
C’est d’ailleurs l’ouverture des coopérants et de quatre producteurs indépendants qui a permis l’émergence de ce projet. « C’est remarquable qu’ils aient été suffisamment intéressés pour avoir envie d’investir en recherche et développer les technologies », souligne le professeur Bélanger.
Des retombées concrètes pour l’industrie
L’outil moléculaire améliore considérablement la rapidité, la précision et l’efficience du diagnostic, tout en limitant le recours aux fongicides. Il permet une application plus ciblée, réduit les coûts et les risques environnementaux et prévient le développement de résistances aux produits antifongiques.
« Si on détermine que dans un champ il y a seulement un type de champignon, on peut le traiter avec un fongicide beaucoup plus ciblé et qui coûte moins cher au producteur», explique Matteo Conti. Et si aucun ADN d’agent pathogène n’est détecté sur les fleurs, « ça permet aux producteurs d’offrir des garanties sur la récolte à venir. »
D’autres perspectives pour l’avenir
L’innovation développée à l’Université Laval commence à faire école ailleurs. Les branches d’Ocean Spray au Massachusetts, au New Jersey et au Wisconsin emboîtent le pas. « C’est difficile de briser les vieilles habitudes, mais on répète que les gènes ne mentent pas », rappelle le professeur Bélanger.
Les travaux se poursuivent. Une nouvelle étape de recherche vise à détecter les mutations qui rendent certains champignons résistants aux fongicides. Déjà, cette méthode complémentaire a été validée au laboratoire et pourrait s’intégrer dans les outils afin de raffiner encore davantage les stratégies de traitement.
En conjuguant science de pointe et savoir-faire agricole, la collaboration entre Ocean Spray et l’Université Laval montre comment la recherche peut répondre à des enjeux bien concrets.