Répertoire du corps professoral

GenoPotato, a customized, low-cost, flexible, genomics-based solution for genotyping in potato
Programme: Subventions Alliance
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2024 au28 février 2026

Exploiter l'architecture et l'anatomie des racines pour améliorer la santé du sol et l'acquisition des ressources dans un climat changeant
Programme: Programme de recherche en partenariat – Agriculture durable
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au31 mars 2026

Activité 3 : Sélection assistée par la génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au31 décembre 2025

Activité 4 : Gestion de projet et coordination
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au31 décembre 2025

Activité 1: Plateforme de génotypage
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada, Barley Council of Canada, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au31 décembre 2025

Development and implementation of a toolkit for genomics-assisted breeding in soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Grain Farmers of Ontario, Génome Canada, Génome Québec, Semences Prograin Inc., Sollio Agriculture, Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au31 décembre 2025

The protection of wheat across the Americas against the challenges of climate change
Programme: Accélération-Élévation
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juin 2021 au20 mai 2025

Activité 2: Prédiction génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Sollio Agriculture, Génome Québec, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 décembre 2025

Transferts institutions
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 décembre 2025

Development and validation of a genomic-based dianostic tool of the virulence profile of Phytophthora sojae, a major pathogen of soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Génome Québec, Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Ayos Diagnostic, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2021 au31 décembre 2025

Amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Organisme(s) subventionnaire(s): Consortium de recherche et innovations en bioprocédés industriels au Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au31 mai 2024

Initiation d’un programme d'amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Programme: Programme Innov’Action agroalimentaire
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Semican inc., Producteurs de grain du Québec, Céréla inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 10 mars 2020 au31 mai 2024

Financements des 2 dernières années

Réalisation des essais d'évaluation du RGCQ-2023 (Maïs-Céréales-Oléoprotéagineuses)
Organisme(s) subventionnaire(s): Réseau Grandes cultures du Québec
Type de financement: Contrat
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mai 2023 au31 mars 2024

Genome-wide association study (GWAS) for biological nitrogen fixation and protein content in soybean (Glycine max)
Programme: Bourse de recherche Mitacs Globalink
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 12 décembre 2021 au22 juillet 2022

Caractérisation de l'assise génétique de l'architecture du système racinaire chez le soja et son rôle dans la résistance aux changements climatiques
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Breeding barley for high yield and resistance to Fusarium head blight for Eastern Canada
Organisme(s) subventionnaire(s): Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2019 au31 mars 2023

CropSNPs: an ultra-low cost genotyping approach in barley and soybean
Programme: Programme Agri-innovation (Grappe agroscientifique)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au31 décembre 2023

Centre Sève : Centre de recherche en sciences du végétal (SEVE)
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Université de Sherbrooke, Université Laval - Fonds internes, Université McGill
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Sherbrooke
Du 1 avril 2017 au31 mars 2024

Changing fates: rewiring gene expression in barley androgenesis
Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2017 au31 mars 2023

Antoine Gagnon, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Ludivine Brocard, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Benjamin Karikari, Stage postdoctoral en phytologie

Vipin Tomar, Stage postdoctoral en phytologie

Mounawarath Assani, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Priyanka Gupta, Recherche postdoctorale en phytologie

Encadrements terminés dans les 5 dernières années

Waldiodio Seck, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Sidiki Malle, Doctorat en biologie végétale

Marc-André Lemay, Doctorat en biologie végétale

Publications des 5 dernières années

k‐mer‐based GWAS enhances the discovery of causal variants and candidate genes in soybean The Plant Genome, 2023/12. Marc‐André Lemay, Maxime de Ronne, Richard Bélanger, François Belzile. DOI 10.1002/tpg2.20374

Machine Learning-GWAS reveals the role ofWSD1gene for cuticular wax ester biosynthesis and key genomic regions controlling early maturity in bread wheat 2023/11/05. Honoré Tekeu, Martine Jean, Eddy L. M. Ngonkeu, François Belzile. DOI 10.1101/2023.11.03.565125

<i>k</i>-mer-Based Genome-Wide Association Studies in Plants: Advances, Challenges, and Perspectives Genes, 2023/07. Benjamin Karikari, PhD, Marc-André Lemay, Francois Belzile. DOI 10.3390/genes14071439

k-mer-based GWAS enhances the discovery of causal variants and candidate genes in soybean 2023/03/29. Marc-André Lemay, Maxime de Ronne, Richard Bélanger, François Belzile. DOI 10.1101/2023.03.28.534607

Improvement of key agronomical traits in soybean through genomic prediction of superior crosses Crop science., 2022/11. Jean M, Cober E, O'Donoughue L, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1002/csc2.20583

Characterizing resistance to soybean cyst nematode in PI 494182, an early maturing soybean accession Crop science., 2022/07. St‐Amour VTB, Mimee B, Torkamaneh D, Jean M, Belzile F, O'Donoughue LS. DOI 10.1002/csc2.20162

The construction of a high-density consensus genetic map for soybean based on SNP markers derived from genotyping-by-sequencing. Genome, 2022/06. Fallah M, Jean M, Boucher St-Amour VT, O'Donoughue L, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0054

The SoyaGen Project: Putting Genomics to Work for Soybean Breeders. Frontiers in plant science, 2022/04. Belzile F, Jean M, Torkamaneh D, Tardivel A, Lemay MA, Boudhrioua C, Arsenault-Labrecque G, Dussault-Benoit C, Lebreton A, de Ronne M, Tremblay V, Bélanger R. DOI 10.3389/fpls.2022.887553

CRISPR/Cas9 in Planta Hairy Root Transformation: A Powerful Platform for Functional Analysis of Root Traits in Soybean. Plants (Basel, Switzerland), 2022/04. Niazian M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.3390/plants11081044

RXLR effector gene Avr3a from Phytophthora sojae is recognized by Rps8 in soybean. Molecular plant pathology, 2022/02. Arsenault-Labrecque G, Santhanam P, Asselin Y, Cinget B, Lebreton A, Labbé C, Belzile F, Gijzen M, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.13190

Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology. BMC biology, 2022/02. Lemay MA, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1186/s12915-022-01255-w

Genome-Wide Association Study Statistical Models: A Review. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Yoosefzadeh-Najafabadi M, Eskandari M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_4

Designing a Genome-Wide Association Study: Main Steps and Critical Decisions. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_1

Mapping of partial resistance to Phytophthora sojae in soybean PIs using whole-genome sequencing reveals a major QTL. The plant genome, 2021/12. de Ronne M, Santhanam P, Cinget B, Labbé C, Lebreton A, Ye H, Vuong TD, Hu H, Valliyodan B, Edwards D, Nguyen HT, Belzile F, Bélanger R. DOI 10.1002/tpg2.20184

A high-resolution consensus linkage map for barley based on GBS-derived genotypes. Genome, 2021/12. Abed A, Badea A, Beattie A, Khanal R, Tucker J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0055

GWAS identifies an ortholog of the rice D11 gene as a candidate gene for grain size in an international collection of hexaploid wheat. Scientific reports, 2021/09. Tekeu H, Ngonkeu ELM, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi PM, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-021-98626-0

Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology 2021/08. Lemay M, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1101/2021.08.26.457816

Identification of genomic loci conferring broad-spectrum resistance to multiple nematode species in exotic soybean accession PI 567305. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/07. Vuong TD, Sonah H, Patil G, Meinhardt C, Usovsky M, Kim KS, Belzile F, Li Z, Robbins R, Shannon JG, Nguyen HT. DOI 10.1007/s00122-021-03903-1

The pan-genome of the cultivated soybean (PanSoy) reveals an extraordinarily conserved gene content. Plant biotechnology journal, 2021/06. Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13600

Genome Assembly of the Canadian two-row Malting Barley cultivar AAC Synergy. G3 (Bethesda, Md.), 2021/04. Xu W, Tucker JR, Bekele WA, You FM, Fu YB, Khanal R, Yao Z, Singh J, Boyle B, Beattie AD, Belzile F, Mascher M, Tinker NA, Badea A. DOI 10.1093/g3journal/jkab031

GWAS identifies a wheat orthologue of the rice D11 gene as an important contributor to grain size in an international collection of hexaploid wheat 2021/03. Tekeu H, Ngonkeu EL, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi P, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-244194/v1

A bumper crop of SNPs in soybean through high-density genotyping-by-sequencing (HD-GBS). Plant biotechnology journal, 2021/02. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Hyten DL, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13551

Genome-wide association study for resistance to the Meloidogyne javanica causing root-knot nematode in soybean. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/01. Alekcevetch JC, de Lima Passianotto AL, Ferreira EGC, Dos Santos AB, da Silva DCG, Dias WP, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.1007/s00122-020-03723-9

Accurate Imputation of Untyped Variants from Deep Sequencing Data. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021/01. Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1007/978-1-0716-1103-6_13

The commitment of barley microspores into embryogenesis correlates with miRNA‐directed regulation of members of the SPL, GRF and HD‐ZIPIII transcription factor families Plant Direct, 2020/12. Sébastien Bélanger, Patricia Baldrich, Marc‐André Lemay, Suzanne Marchand, Patricio Esteves, Blake C. Meyers, François Belzile. DOI 10.1002/pld3.289

Genome-wide association identifies several QTLs controlling cysteine and methionine content in soybean seed including some promising candidate genes. Scientific reports, 2020/12. Malle S, Eskandari M, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-020-78907-w

Comprehensive Genome-Wide Association Analysis Reveals the Genetic Basis of Root System Architecture in Soybean. Frontiers in plant science, 2020/12. Seck W, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.3389/fpls.2020.590740

Population structure of Nepali spring wheat (Triticum aestivum L.) germplasm. BMC plant biology, 2020/11. Khadka K, Torkamaneh D, Kaviani M, Belzile F, Raizada MN, Navabi A. DOI 10.1186/s12870-020-02722-8

Fast-GBS v2.0: an analysis toolkit for genotyping-by-sequencing data. Genome, 2020/10. Torkamaneh D, Laroche J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2020-0077

Soybean (Glycine max) Haplotype Map (GmHapMap): a universal resource for soybean translational and functional genomics. Plant biotechnology journal, 2020/09. Torkamaneh D, Laroche J, Valliyodan B, O'Donoughue L, Cober E, Rajcan I, Vilela Abdelnoor R, Sreedasyam A, Schmutz J, Nguyen HT, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13466

Identification of loci controlling mineral element concentration in soybean seeds. BMC plant biology, 2020/09. Malle S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02631-w

Identification of Loci Controlling Mineral Element Concentration in Soybean Seeds 2020/08. MALLE S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-22007/v2

The commitment of barley microspores into embryogenesis involves miRNA-directed regulation of members of the SPL, GRF and HD-ZIPIII transcription factor families 2020/06. Bélanger S, Baldrich P, Lemay M, Marchand S, Esteves P, Meyers BC, Belzile F. DOI 10.1101/2020.06.11.146647

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data. BMC plant biology, 2020/05. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02401-8

Identification of Loci Controlling Mineral Element Concentration In Soybean Seeds 2020/05/01. SIDIKI MALLE, Malcolm Morrison, Francois Belzile. DOI 10.21203/rs.3.rs-22007/v1

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/04/03. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v4

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/04. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.21203/rs.2.14709/v5

Haplotype diversity underlying quantitative traits in Canadian soybean breeding germplasm. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2020/03. Bruce RW, Torkamaneh D, Grainger CM, Belzile F, Eskandari M, Rajcan I. DOI 10.1007/s00122-020-03569-1

NanoGBS: A Miniaturized Procedure for GBS Library Preparation. Frontiers in genetics, 2020/02. Torkamaneh D, Boyle B, St-Cyr J, Légaré G, Pomerleau S, Belzile F. DOI 10.3389/fgene.2020.00067

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/01/23. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v3

Discriminant haplotypes of avirulence genes of Phytophthora sojae lead to a molecular assay to predict phenotypes. Molecular plant pathology, 2020/01. Dussault-Benoit C, Arsenault-Labrecque G, Sonah H, Belzile F, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.12898

DepthFinder: a tool to determine the optimal read depth for reduced-representation sequencing. Bioinformatics (Oxford, England), 2020/01. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Belzile F. DOI 10.1093/bioinformatics/btz473

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2019/12/09. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v2

Time for a paradigm shift in the use of plant genetic resources. Genome, 2019/12. Belzile F, Abed A, Torkamaneh D. DOI 10.1139/gen-2019-0141

Integrated QTL mapping, gene expression and nucleotide variation analyses to investigate complex quantitative traits: a case study with the soybean-Phytophthora sojae interaction. Plant biotechnology journal, 2019/12. de Ronne M, Labbé C, Lebreton A, Sonah H, Deshmukh R, Jean M, Belzile F, O'Donoughue L, Bélanger R. DOI 10.1111/pbi.13301

Genome-wide association analyses reveal the genetic basis of biomass accumulation under symbiotic nitrogen fixation in African soybean. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2019/12. Torkamaneh D, Chalifour FP, Beauchamp CJ, Agrama H, Boahen S, Maaroufi H, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1007/s00122-019-03499-7

Genome-Wide Association Study for Resistance to the <em>Meloidogyne javanica</em> Causing Root-Knot Nematode in Soybean 2019/12. Alekcevetch JC, Passianotto ALdL, Ferreira EGC, dos Santos AB, da Silva DCG, Dias WP, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.20944/preprints201912.0093.v1

Genetic Analysis of High Protein Content in 'AC Proteus' Related Soybean Populations Using SSR, SNP, DArT and DArTseq Markers. Scientific reports, 2019/12. Samanfar B, Cober ER, Charette M, Tan LH, Bekele WA, Morrison MJ, Kilian A, Belzile F, Molnar SJ. DOI 10.1038/s41598-019-55862-9

Comparing Single-SNP, Multi-SNP, and Haplotype-Based Approaches in Association Studies for Major Traits in Barley. The plant genome, 2019/11. Abed A, Belzile F. DOI 10.3835/plantgenome2019.05.0036

A Systematic Gene-Centric Approach to Define Haplotypes and Identify Alleles on the Basis of Dense Single Nucleotide Polymorphism Datasets. The plant genome, 2019/11. Tardivel A, Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F, O'Donoughue LS. DOI 10.3835/plantgenome2018.08.0061

Association mapping of a locus that confers southern stem canker resistance in soybean and SNP marker development. BMC genomics, 2019/10. Maldonado Dos Santos JV, Ferreira EGC, Passianotto ALL, Brumer BB, Santos ABD, Soares RM, Torkamaneh D, Arias CAA, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.1186/s12864-019-6139-6

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2019/09/22. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v1

SRG extractor: a skinny reference genome approach for reduced-representation sequencing. Bioinformatics (Oxford, England), 2019/09. Torkamaneh D, Laroche J, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1093/bioinformatics/btz043

Association mapping of a locus that confers southern stem canker resistance in soybean and SNP marker development 2019/09. Santos JVMd, Ferreira EGC, Passianotto ALdL, Brumer BB, Santos ABD, Soares RM, Torkamaneh D, Arias CAA, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimaraes F. DOI 10.21203/rs.2.11243/v2

Screening populations for copy number variation using genotyping-by-sequencing: a proof of concept using soybean fast neutron mutants. BMC genomics, 2019/08. Lemay MA, Torkamaneh D, Rigaill G, Boyle B, Stec AO, Stupar RM, Belzile F. DOI 10.1186/s12864-019-5998-1

Genome-wide genetic diversity is maintained through decades of soybean breeding in Canada. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2019/08. Bruce RW, Torkamaneh D, Grainger C, Belzile F, Eskandari M, Rajcan I. DOI 10.1007/s00122-019-03408-y

Molecular tools for detecting Pdh1 can improve soybean breeding efficiency by reducing yield losses due to pod shatter Molecular breeding., 2019/02. Miranda C, Carolyn Culp, David M. Grant, François Belzile, Kristin Bilyeu, Mária Škrabišová, Trupti Joshi. DOI 10.1007/s11032-019-0935-1

Soybean Haplotype Map (GmHapMap): A Universal Resource for Soybean Translational and Functional Genomics 2019/01. Torkamaneh D, Laroche J, Valliyodan B, O’Donoughue L, Cober E, Rajcan I, Abdelnoor RV, Sreedasyam A, Schmutz J, Nguyen HT, Belzile F. DOI 10.1101/534578

Isolated Microspore Culture in Barley. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019/01. Esteves P, Belzile FJ. DOI 10.1007/978-1-4939-8944-7_5

Genotyping-by-Sequencing on the Ion Torrent Platform in Barley. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019/01. Abed A, Légaré G, Pomerleau S, St-Cyr J, Boyle B, Belzile FJ. DOI 10.1007/978-1-4939-8944-7_15