Répertoire du corps professoral

Programme collaboratif d'amélioration génétique de l'orge brassicole pour l'Est du Canada - Phase II
Programme: Subvention Alliance - Avantage
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 février 2025 au 31 janvier 2028

Centre SÈVE : Centre de recherche en sciences du végétal
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Sherbrooke
Du 1 avril 2024 au 31 mars 2030

GenoPotato, a customized, low-cost, flexible, genomics-based solution for genotyping in potato
Programme: Subventions Alliance
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Consortium de recherche sur la pomme de terre du Québec, La Patate du Lac-Saint-Jean
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2024 au 28 février 2026

Next generation Barley Variety Development for Economic and Environmental Sustainability in Eastern Canada
Programme: Programme Agri-science
Organisme(s) subventionnaire(s): Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2028

Development of Improved Western Canadian Barley Robust to Climate Change
Programme: Programme Agri-science
Organisme(s) subventionnaire(s): Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2028

Developing short-season corn inbreds with abiotic and biotic stress tolerance/resistance
Programme: Programme Agri-science
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2028

Exploiter l'architecture et l'anatomie des racines pour améliorer la santé du sol et l'acquisition des ressources dans un climat changeant
Programme: Programme de recherche en partenariat – Agriculture durable
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2026

Activité 3 : Sélection assistée par la génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au 31 décembre 2025

Activité 4 : Gestion de projet et coordination
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au 31 décembre 2025

Activité 1: Plateforme de génotypage
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada, Barley Council of Canada, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au 31 décembre 2025

Development and implementation of a toolkit for genomics-assisted breeding in soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Grain Farmers of Ontario, Génome Canada, Génome Québec, Semences Prograin Inc., Sollio Agriculture, Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 juillet 2021 au 31 décembre 2025

Activité 2: Prédiction génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Sollio Agriculture, Génome Québec, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 31 décembre 2025

Transferts institutions
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 31 décembre 2025

Development and validation of a genomic-based dianostic tool of the virulence profile of Phytophthora sojae, a major pathogen of soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Génome Québec, Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Ayos Diagnostic, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2021 au 31 décembre 2025

Financements des 2 dernières années

Réalisation des essais d'évaluation du RGCQ-2024 (Maïs-Céréales-Oléoprotéagineuses)
Organisme(s) subventionnaire(s): Réseau Grandes cultures du Québec
Type de financement: Contrat
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mai 2024 au 31 mars 2025

Réalisation des essais d'évaluation du RGCQ-2023 (Maïs-Céréales-Oléoprotéagineuses)
Organisme(s) subventionnaire(s): Réseau Grandes cultures du Québec
Type de financement: Contrat
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mai 2023 au 31 mars 2024

The protection of wheat across the Americas against the challenges of climate change
Programme: Accélération-Élévation
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juin 2021 au 20 mai 2025

Caractérisation de l'assise génétique de l'architecture du système racinaire chez le soja et son rôle dans la résistance aux changements climatiques
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 31 mars 2024

Amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Organisme(s) subventionnaire(s): Consortium de recherche et innovations en bioprocédés industriels au Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au 31 mai 2024

Initiation d’un programme d'amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Programme: Programme Innov’Action agroalimentaire
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Semican inc., Producteurs de grain du Québec, Céréla inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 10 mars 2020 au 31 mai 2024

CropSNPs: an ultra-low cost genotyping approach in barley and soybean
Programme: Programme Agri-innovation (Grappe agroscientifique)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au 31 décembre 2023

Centre Sève : Centre de recherche en sciences du végétal (SEVE)
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Université de Sherbrooke, Université Laval - Fonds internes, Université McGill
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Sherbrooke
Du 1 avril 2017 au 31 mars 2025

Benjamin Karikari, Stage postdoctoral en phytologie

Antoine Gagnon, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Mounawarath Assani, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Vipin Tomar, Stage postdoctoral en phytologie

Encadrements terminés dans les 5 dernières années

Ludivine Brocard, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire

Marc-André Lemay, Doctorat en biologie végétale

Publications des 5 dernières années

Comparing Results from 2-D and 3-D Phenotyping Systems for Soybean Root System Architecture: A ‘Comparison of Apples and Oranges’? Plants, 2024/11/29. François Belzile, Waldiodio Seck, Prabhjot Sanghera, Liwen Han, Pierre Dutilleul. DOI 10.3390/plants13233369

k‐mer‐based GWAS enhances the discovery of causal variants and candidate genes in soybean The Plant Genome, 2023/12. Marc‐André Lemay, Maxime de Ronne, Richard Bélanger, François Belzile. DOI 10.1002/tpg2.20374

Machine Learning-GWAS reveals the role ofWSD1gene for cuticular wax ester biosynthesis and key genomic regions controlling early maturity in bread wheat 2023/11/05. Honoré Tekeu, Martine Jean, Eddy L. M. Ngonkeu, François Belzile. DOI 10.1101/2023.11.03.565125

<i>k</i>-mer-Based Genome-Wide Association Studies in Plants: Advances, Challenges, and Perspectives Genes, 2023/07. Benjamin Karikari, PhD, Marc-André Lemay, Francois Belzile. DOI 10.3390/genes14071439

k-mer-based GWAS enhances the discovery of causal variants and candidate genes in soybean 2023/03/29. Marc-André Lemay, Maxime de Ronne, Richard Bélanger, François Belzile. DOI 10.1101/2023.03.28.534607

Improvement of key agronomical traits in soybean through genomic prediction of superior crosses Crop science., 2022/11. Jean M, Cober E, O'Donoughue L, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1002/csc2.20583

Characterizing resistance to soybean cyst nematode in PI 494182, an early maturing soybean accession Crop science., 2022/07. St‐Amour VTB, Mimee B, Torkamaneh D, Jean M, Belzile F, O'Donoughue LS. DOI 10.1002/csc2.20162

The construction of a high-density consensus genetic map for soybean based on SNP markers derived from genotyping-by-sequencing. Genome, 2022/06. Fallah M, Jean M, Boucher St-Amour VT, O'Donoughue L, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0054

The SoyaGen Project: Putting Genomics to Work for Soybean Breeders. Frontiers in plant science, 2022/04. Belzile F, Jean M, Torkamaneh D, Tardivel A, Lemay MA, Boudhrioua C, Arsenault-Labrecque G, Dussault-Benoit C, Lebreton A, de Ronne M, Tremblay V, Bélanger R. DOI 10.3389/fpls.2022.887553

CRISPR/Cas9 in Planta Hairy Root Transformation: A Powerful Platform for Functional Analysis of Root Traits in Soybean. Plants (Basel, Switzerland), 2022/04. Niazian M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.3390/plants11081044

RXLR effector gene Avr3a from Phytophthora sojae is recognized by Rps8 in soybean. Molecular plant pathology, 2022/02. Arsenault-Labrecque G, Santhanam P, Asselin Y, Cinget B, Lebreton A, Labbé C, Belzile F, Gijzen M, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.13190

Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology. BMC biology, 2022/02. Lemay MA, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1186/s12915-022-01255-w

Genome-Wide Association Study Statistical Models: A Review. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Yoosefzadeh-Najafabadi M, Eskandari M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_4

Designing a Genome-Wide Association Study: Main Steps and Critical Decisions. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_1

Mapping of partial resistance to Phytophthora sojae in soybean PIs using whole-genome sequencing reveals a major QTL. The plant genome, 2021/12. de Ronne M, Santhanam P, Cinget B, Labbé C, Lebreton A, Ye H, Vuong TD, Hu H, Valliyodan B, Edwards D, Nguyen HT, Belzile F, Bélanger R. DOI 10.1002/tpg2.20184

A high-resolution consensus linkage map for barley based on GBS-derived genotypes. Genome, 2021/12. Abed A, Badea A, Beattie A, Khanal R, Tucker J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0055

GWAS identifies an ortholog of the rice D11 gene as a candidate gene for grain size in an international collection of hexaploid wheat. Scientific reports, 2021/09. Tekeu H, Ngonkeu ELM, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi PM, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-021-98626-0

Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology 2021/08. Lemay M, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1101/2021.08.26.457816

Identification of genomic loci conferring broad-spectrum resistance to multiple nematode species in exotic soybean accession PI 567305. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/07. Vuong TD, Sonah H, Patil G, Meinhardt C, Usovsky M, Kim KS, Belzile F, Li Z, Robbins R, Shannon JG, Nguyen HT. DOI 10.1007/s00122-021-03903-1

The pan-genome of the cultivated soybean (PanSoy) reveals an extraordinarily conserved gene content. Plant biotechnology journal, 2021/06. Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13600

Genome Assembly of the Canadian two-row Malting Barley cultivar AAC Synergy. G3 (Bethesda, Md.), 2021/04. Xu W, Tucker JR, Bekele WA, You FM, Fu YB, Khanal R, Yao Z, Singh J, Boyle B, Beattie AD, Belzile F, Mascher M, Tinker NA, Badea A. DOI 10.1093/g3journal/jkab031

GWAS identifies a wheat orthologue of the rice D11 gene as an important contributor to grain size in an international collection of hexaploid wheat 2021/03. Tekeu H, Ngonkeu EL, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi P, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-244194/v1

A bumper crop of SNPs in soybean through high-density genotyping-by-sequencing (HD-GBS). Plant biotechnology journal, 2021/02. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Hyten DL, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13551

Genome-wide association study for resistance to the Meloidogyne javanica causing root-knot nematode in soybean. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/01. Alekcevetch JC, de Lima Passianotto AL, Ferreira EGC, Dos Santos AB, da Silva DCG, Dias WP, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.1007/s00122-020-03723-9

Accurate Imputation of Untyped Variants from Deep Sequencing Data. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021/01. Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1007/978-1-0716-1103-6_13

The commitment of barley microspores into embryogenesis correlates with miRNA‐directed regulation of members of the SPL, GRF and HD‐ZIPIII transcription factor families Plant Direct, 2020/12. Sébastien Bélanger, Patricia Baldrich, Marc‐André Lemay, Suzanne Marchand, Patricio Esteves, Blake C. Meyers, François Belzile. DOI 10.1002/pld3.289

Genome-wide association identifies several QTLs controlling cysteine and methionine content in soybean seed including some promising candidate genes. Scientific reports, 2020/12. Malle S, Eskandari M, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-020-78907-w

Comprehensive Genome-Wide Association Analysis Reveals the Genetic Basis of Root System Architecture in Soybean. Frontiers in plant science, 2020/12. Seck W, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.3389/fpls.2020.590740

Population structure of Nepali spring wheat (Triticum aestivum L.) germplasm. BMC plant biology, 2020/11. Khadka K, Torkamaneh D, Kaviani M, Belzile F, Raizada MN, Navabi A. DOI 10.1186/s12870-020-02722-8

Fast-GBS v2.0: an analysis toolkit for genotyping-by-sequencing data. Genome, 2020/10. Torkamaneh D, Laroche J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2020-0077

Soybean (Glycine max) Haplotype Map (GmHapMap): a universal resource for soybean translational and functional genomics. Plant biotechnology journal, 2020/09. Torkamaneh D, Laroche J, Valliyodan B, O'Donoughue L, Cober E, Rajcan I, Vilela Abdelnoor R, Sreedasyam A, Schmutz J, Nguyen HT, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13466

Identification of loci controlling mineral element concentration in soybean seeds. BMC plant biology, 2020/09. Malle S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02631-w

Identification of Loci Controlling Mineral Element Concentration in Soybean Seeds 2020/08. MALLE S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-22007/v2

The commitment of barley microspores into embryogenesis involves miRNA-directed regulation of members of the SPL, GRF and HD-ZIPIII transcription factor families 2020/06. Bélanger S, Baldrich P, Lemay M, Marchand S, Esteves P, Meyers BC, Belzile F. DOI 10.1101/2020.06.11.146647

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data. BMC plant biology, 2020/05. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02401-8

Identification of Loci Controlling Mineral Element Concentration In Soybean Seeds 2020/05/01. SIDIKI MALLE, Malcolm Morrison, Francois Belzile. DOI 10.21203/rs.3.rs-22007/v1

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/04/03. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v4

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/04. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.21203/rs.2.14709/v5

Haplotype diversity underlying quantitative traits in Canadian soybean breeding germplasm. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2020/03. Bruce RW, Torkamaneh D, Grainger CM, Belzile F, Eskandari M, Rajcan I. DOI 10.1007/s00122-020-03569-1

NanoGBS: A Miniaturized Procedure for GBS Library Preparation. Frontiers in genetics, 2020/02. Torkamaneh D, Boyle B, St-Cyr J, Légaré G, Pomerleau S, Belzile F. DOI 10.3389/fgene.2020.00067

Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/01/23. Chiheb Boudhrioua, Maxime Bastien, Davoud Torkamaneh, François Belzile. DOI 10.21203/rs.2.14709/v3

Discriminant haplotypes of avirulence genes of Phytophthora sojae lead to a molecular assay to predict phenotypes. Molecular plant pathology, 2020/01. Dussault-Benoit C, Arsenault-Labrecque G, Sonah H, Belzile F, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.12898

DepthFinder: a tool to determine the optimal read depth for reduced-representation sequencing. Bioinformatics (Oxford, England), 2020/01. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Belzile F. DOI 10.1093/bioinformatics/btz473