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François Belzile

Professeur titulaire
(418) 656-2131, poste 405763
Francois.Belzile@fsaa.ulaval.ca
Pavillon Charles-Eugène-Marchand
1030, avenue de la Médecine
Local 1243

Unité de rattachement — Faculté
Sciences de l'agriculture et de l'alimentation

Affiliations
Institut en environnement, développement et société (Institut EDS)
Institut de biologie intégrative et des systèmes
Centre de recherche et d'innovation sur les végétaux

Réalisation des essais d'évaluation du RGCQ-2023 (Maïs-Céréales-Oléoprotéagineuses)
Organisme(s) subventionnaire(s): Réseau Grandes cultures du Québec
Type de financement: Contrat
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mai 2023 au31 mars 2024

Exploiter l'architecture et l'anatomie des racines pour améliorer la santé du sol et l'acquisition des ressources dans un climat changeant
Programme: Programme de recherche en partenariat – Agriculture durable
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au31 mars 2026

The protection of wheat across the Americas against the challenges of climate change
Programme: Accélération-Élévation
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juin 2021 au20 mai 2025

Caractérisation de l'assise génétique de l'architecture du système racinaire chez le soja et son rôle dans la résistance aux changements climatiques
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Development and implementation of a toolkit for genomics-assisted breeding in soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Grain Farmers of Ontario, Génome Canada, Génome Québec, Semences Prograin Inc., Sollio Agriculture, Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Activité 1: Plateforme de génotypage
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada, Barley Council of Canada, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Activité 2: Prédiction génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Sollio Agriculture, Génome Québec, Semences Prograin Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Activité 4 : Gestion de projet et coordination
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Activité 3 : Sélection assistée par la génomique
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Transferts institutions
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

Development and validation of a genomic-based dianostic tool of the virulence profile of Phytophthora sojae, a major pathogen of soybean
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada, Génome Québec, Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Ayos Diagnostic, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2021 au31 décembre 2025

Amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Organisme(s) subventionnaire(s): Consortium de recherche et innovations en bioprocédés industriels au Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au31 mai 2024

Initiation d’un programme d'amélioration génétique de l'orge brassicole à deux rangs pour le Québec
Programme: Programme Innov’Action agroalimentaire
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Semican inc., Producteurs de grain du Québec, Céréla inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 10 mars 2020 au31 mai 2024

Centre Sève : Centre de recherche en sciences du végétal (SEVE)
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Université de Sherbrooke, Université Laval - Fonds internes, Université McGill
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Sherbrooke
Du 1 avril 2017 au31 mars 2024

Financements des 2 dernières années

Genome-wide association study (GWAS) for biological nitrogen fixation and protein content in soybean (Glycine max)
Programme: Bourse de recherche Mitacs Globalink
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 12 décembre 2021 au22 juillet 2022

Breeding barley for high yield and resistance to Fusarium head blight for Eastern Canada
Organisme(s) subventionnaire(s): Barley Council of Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2019 au31 mars 2023

CropSNPs: an ultra-low cost genotyping approach in barley and soybean
Programme: Programme Agri-innovation (Grappe agroscientifique)
Organisme(s) subventionnaire(s): Alliance de Recherche sur les Cultures Commerciales du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au31 décembre 2023

Changing fates: rewiring gene expression in barley androgenesis
Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2017 au31 mars 2023

  • Mounawarath Assani, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire
  • Vipin Tomar, Stage postdoctoral en phytologie
  • Ludivine Brocard, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire
  • Antoine Gagnon, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire
  • Benjamin Karikari, Stage postdoctoral en phytologie
  • Priyanka Gupta, Recherche postdoctorale en phytologie
  • Encadrements terminés dans les 5 dernières années

  • Waldiodio Seck, Maîtrise en biologie végétale - avec mémoire
  • Marc-André Lemay, Doctorat en biologie végétale
  • Sidiki Malle, Doctorat en biologie végétale
  • Publications des 5 dernières années

    <i>k</i>-mer-Based Genome-Wide Association Studies in Plants: Advances, Challenges, and Perspectives Genes, 2023/07. Benjamin Karikari, PhD, Marc-André Lemay, Francois Belzile. DOI 10.3390/genes14071439

    Improvement of key agronomical traits in soybean through genomic prediction of superior crosses Crop science., 2022/11. Jean M, Cober E, O'Donoughue L, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1002/csc2.20583

    Characterizing resistance to soybean cyst nematode in PI 494182, an early maturing soybean accession Crop science., 2022/07. St‐Amour VTB, Mimee B, Torkamaneh D, Jean M, Belzile F, O'Donoughue LS. DOI 10.1002/csc2.20162

    The construction of a high-density consensus genetic map for soybean based on SNP markers derived from genotyping-by-sequencing. Genome, 2022/06. Fallah M, Jean M, Boucher St-Amour VT, O'Donoughue L, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0054

    CRISPR/Cas9 in Planta Hairy Root Transformation: A Powerful Platform for Functional Analysis of Root Traits in Soybean. Plants (Basel, Switzerland), 2022/04. Niazian M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.3390/plants11081044

    The SoyaGen Project: Putting Genomics to Work for Soybean Breeders. Frontiers in plant science, 2022/04. Belzile F, Jean M, Torkamaneh D, Tardivel A, Lemay MA, Boudhrioua C, Arsenault-Labrecque G, Dussault-Benoit C, Lebreton A, de Ronne M, Tremblay V, Bélanger R. DOI 10.3389/fpls.2022.887553

    Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology. BMC biology, 2022/02. Lemay MA, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1186/s12915-022-01255-w

    RXLR effector gene Avr3a from Phytophthora sojae is recognized by Rps8 in soybean. Molecular plant pathology, 2022/02. Arsenault-Labrecque G, Santhanam P, Asselin Y, Cinget B, Lebreton A, Labbé C, Belzile F, Gijzen M, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.13190

    Genome-Wide Association Study Statistical Models: A Review. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Yoosefzadeh-Najafabadi M, Eskandari M, Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_4

    Designing a Genome-Wide Association Study: Main Steps and Critical Decisions. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022/01. Belzile F, Torkamaneh D. DOI 10.1007/978-1-0716-2237-7_1

    Mapping of partial resistance to Phytophthora sojae in soybean PIs using whole-genome sequencing reveals a major QTL. The plant genome, 2021/12. de Ronne M, Santhanam P, Cinget B, Labbé C, Lebreton A, Ye H, Vuong TD, Hu H, Valliyodan B, Edwards D, Nguyen HT, Belzile F, Bélanger R. DOI 10.1002/tpg2.20184

    A high-resolution consensus linkage map for barley based on GBS-derived genotypes. Genome, 2021/12. Abed A, Badea A, Beattie A, Khanal R, Tucker J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2021-0055

    GWAS identifies an ortholog of the rice D11 gene as a candidate gene for grain size in an international collection of hexaploid wheat. Scientific reports, 2021/09. Tekeu H, Ngonkeu ELM, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi PM, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-021-98626-0

    Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology 2021/08. Lemay M, Sibbesen JA, Torkamaneh D, Hamel J, Levesque RC, Belzile F. DOI 10.1101/2021.08.26.457816

    Identification of genomic loci conferring broad-spectrum resistance to multiple nematode species in exotic soybean accession PI 567305. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/07. Vuong TD, Sonah H, Patil G, Meinhardt C, Usovsky M, Kim KS, Belzile F, Li Z, Robbins R, Shannon JG, Nguyen HT. DOI 10.1007/s00122-021-03903-1

    The pan-genome of the cultivated soybean (PanSoy) reveals an extraordinarily conserved gene content. Plant biotechnology journal, 2021/06. Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13600

    Genome Assembly of the Canadian two-row Malting Barley cultivar AAC Synergy. G3 (Bethesda, Md.), 2021/04. Xu W, Tucker JR, Bekele WA, You FM, Fu YB, Khanal R, Yao Z, Singh J, Boyle B, Beattie AD, Belzile F, Mascher M, Tinker NA, Badea A. DOI 10.1093/g3journal/jkab031

    GWAS identifies a wheat orthologue of the rice D11 gene as an important contributor to grain size in an international collection of hexaploid wheat 2021/03. Tekeu H, Ngonkeu EL, Bélanger S, Djocgoué PF, Abed A, Torkamaneh D, Boyle B, Tsimi P, Tadesse W, Jean M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-244194/v1

    A bumper crop of SNPs in soybean through high-density genotyping-by-sequencing (HD-GBS). Plant biotechnology journal, 2021/02. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Hyten DL, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13551

    Accurate Imputation of Untyped Variants from Deep Sequencing Data. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021/01. Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1007/978-1-0716-1103-6_13

    Genome-wide association study for resistance to the Meloidogyne javanica causing root-knot nematode in soybean. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2021/01. Alekcevetch JC, de Lima Passianotto AL, Ferreira EGC, Dos Santos AB, da Silva DCG, Dias WP, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.1007/s00122-020-03723-9

    Comprehensive Genome-Wide Association Analysis Reveals the Genetic Basis of Root System Architecture in Soybean. Frontiers in plant science, 2020/12. Seck W, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.3389/fpls.2020.590740

    Genome-wide association identifies several QTLs controlling cysteine and methionine content in soybean seed including some promising candidate genes. Scientific reports, 2020/12. Malle S, Eskandari M, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1038/s41598-020-78907-w

    Population structure of Nepali spring wheat (Triticum aestivum L.) germplasm. BMC plant biology, 2020/11. Khadka K, Torkamaneh D, Kaviani M, Belzile F, Raizada MN, Navabi A. DOI 10.1186/s12870-020-02722-8

    Fast-GBS v2.0: an analysis toolkit for genotyping-by-sequencing data. Genome, 2020/10. Torkamaneh D, Laroche J, Belzile F. DOI 10.1139/gen-2020-0077

    Identification of loci controlling mineral element concentration in soybean seeds. BMC plant biology, 2020/09. Malle S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02631-w

    Soybean (Glycine max) Haplotype Map (GmHapMap): a universal resource for soybean translational and functional genomics. Plant biotechnology journal, 2020/09. Torkamaneh D, Laroche J, Valliyodan B, O'Donoughue L, Cober E, Rajcan I, Vilela Abdelnoor R, Sreedasyam A, Schmutz J, Nguyen HT, Belzile F. DOI 10.1111/pbi.13466

    Identification of Loci Controlling Mineral Element Concentration in Soybean Seeds 2020/08. MALLE S, Morrison M, Belzile F. DOI 10.21203/rs.3.rs-22007/v2

    The commitment of barley microspores into embryogenesis involves miRNA-directed regulation of members of the SPL, GRF and HD-ZIPIII transcription factor families 2020/06. Bélanger S, Baldrich P, Lemay M, Marchand S, Esteves P, Meyers BC, Belzile F. DOI 10.1101/2020.06.11.146647

    Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data. BMC plant biology, 2020/05. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.1186/s12870-020-02401-8

    Genome-wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean using whole-genome resequencing data 2020/04. Boudhrioua C, Bastien M, Torkamaneh D, Belzile F. DOI 10.21203/rs.2.14709/v5

    Haplotype diversity underlying quantitative traits in Canadian soybean breeding germplasm. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2020/03. Bruce RW, Torkamaneh D, Grainger CM, Belzile F, Eskandari M, Rajcan I. DOI 10.1007/s00122-020-03569-1

    NanoGBS: A Miniaturized Procedure for GBS Library Preparation. Frontiers in genetics, 2020/02. Torkamaneh D, Boyle B, St-Cyr J, Légaré G, Pomerleau S, Belzile F. DOI 10.3389/fgene.2020.00067

    DepthFinder: a tool to determine the optimal read depth for reduced-representation sequencing. Bioinformatics (Oxford, England), 2020/01. Torkamaneh D, Laroche J, Boyle B, Belzile F. DOI 10.1093/bioinformatics/btz473

    Discriminant haplotypes of avirulence genes of Phytophthora sojae lead to a molecular assay to predict phenotypes. Molecular plant pathology, 2020/01. Dussault-Benoit C, Arsenault-Labrecque G, Sonah H, Belzile F, Bélanger RR. DOI 10.1111/mpp.12898

    Genetic Analysis of High Protein Content in 'AC Proteus' Related Soybean Populations Using SSR, SNP, DArT and DArTseq Markers. Scientific reports, 2019/12. Samanfar B, Cober ER, Charette M, Tan LH, Bekele WA, Morrison MJ, Kilian A, Belzile F, Molnar SJ. DOI 10.1038/s41598-019-55862-9

    Genome-Wide Association Study for Resistance to the <em>Meloidogyne javanica</em> Causing Root-Knot Nematode in Soybean 2019/12. Alekcevetch JC, Passianotto ALdL, Ferreira EGC, dos Santos AB, da Silva DCG, Dias WP, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.20944/preprints201912.0093.v1

    Genome-wide association analyses reveal the genetic basis of biomass accumulation under symbiotic nitrogen fixation in African soybean. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2019/12. Torkamaneh D, Chalifour FP, Beauchamp CJ, Agrama H, Boahen S, Maaroufi H, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1007/s00122-019-03499-7

    Integrated QTL mapping, gene expression and nucleotide variation analyses to investigate complex quantitative traits: a case study with the soybean-Phytophthora sojae interaction. Plant biotechnology journal, 2019/12. de Ronne M, Labbé C, Lebreton A, Sonah H, Deshmukh R, Jean M, Belzile F, O'Donoughue L, Bélanger R. DOI 10.1111/pbi.13301

    Time for a paradigm shift in the use of plant genetic resources. Genome, 2019/12. Belzile F, Abed A, Torkamaneh D. DOI 10.1139/gen-2019-0141

    A Systematic Gene-Centric Approach to Define Haplotypes and Identify Alleles on the Basis of Dense Single Nucleotide Polymorphism Datasets. The plant genome, 2019/11. Tardivel A, Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F, O'Donoughue LS. DOI 10.3835/plantgenome2018.08.0061

    Comparing Single-SNP, Multi-SNP, and Haplotype-Based Approaches in Association Studies for Major Traits in Barley. The plant genome, 2019/11. Abed A, Belzile F. DOI 10.3835/plantgenome2019.05.0036

    Association mapping of a locus that confers southern stem canker resistance in soybean and SNP marker development. BMC genomics, 2019/10. Maldonado Dos Santos JV, Ferreira EGC, Passianotto ALL, Brumer BB, Santos ABD, Soares RM, Torkamaneh D, Arias CAA, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimarães FC. DOI 10.1186/s12864-019-6139-6

    SRG extractor: a skinny reference genome approach for reduced-representation sequencing. Bioinformatics (Oxford, England), 2019/09. Torkamaneh D, Laroche J, Rajcan I, Belzile F. DOI 10.1093/bioinformatics/btz043

    Association mapping of a locus that confers southern stem canker resistance in soybean and SNP marker development 2019/09. Santos JVMd, Ferreira EGC, Passianotto ALdL, Brumer BB, Santos ABD, Soares RM, Torkamaneh D, Arias CAA, Belzile F, Abdelnoor RV, Marcelino-Guimaraes F. DOI 10.21203/rs.2.11243/v2

    Genome-wide genetic diversity is maintained through decades of soybean breeding in Canada. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 2019/08. Bruce RW, Torkamaneh D, Grainger C, Belzile F, Eskandari M, Rajcan I. DOI 10.1007/s00122-019-03408-y

    Screening populations for copy number variation using genotyping-by-sequencing: a proof of concept using soybean fast neutron mutants. BMC genomics, 2019/08. Lemay MA, Torkamaneh D, Rigaill G, Boyle B, Stec AO, Stupar RM, Belzile F. DOI 10.1186/s12864-019-5998-1

    Molecular tools for detecting Pdh1 can improve soybean breeding efficiency by reducing yield losses due to pod shatter Molecular breeding., 2019/02. Miranda C, Carolyn Culp, David M. Grant, François Belzile, Kristin Bilyeu, Mária Škrabišová, Trupti Joshi. DOI 10.1007/s11032-019-0935-1

    Soybean Haplotype Map (GmHapMap): A Universal Resource for Soybean Translational and Functional Genomics 2019/01. Torkamaneh D, Laroche J, Valliyodan B, O’Donoughue L, Cober E, Rajcan I, Abdelnoor RV, Sreedasyam A, Schmutz J, Nguyen HT, Belzile F. DOI 10.1101/534578

    Genotyping-by-Sequencing on the Ion Torrent Platform in Barley. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019/01. Abed A, Légaré G, Pomerleau S, St-Cyr J, Boyle B, Belzile FJ. DOI 10.1007/978-1-4939-8944-7_15

    Isolated Microspore Culture in Barley. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019/01. Esteves P, Belzile FJ. DOI 10.1007/978-1-4939-8944-7_5

    Domaines de recherche

    • Génomique
    • associations marqueur-caractère , prédiction génomique , sélection assistée , cartographie génétique , marqueurs moléculaires
    • Biotechnologies de l'agriculture, n.c.a.
    • validation fonctionnelle , Agrobacterium rhizogenes , Agrobacterium tumefaciens

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