Répertoire du corps professoral

PerEcoEvo: Déchiffrer la trajectoire éco-évolutive des communautés microbiennes du pergélisol en transition - Coalescence et éléments génétiques mobiles en jeu
Programme: Programme bilatéral de recherche collaborative Québec - Fédération Wallonie Bruxelles
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Institut national de la recherche scientifique, Université du Québec - INRS
Du 1 septembre 2025 au 31 août 2028

Implantation de méthodes d'analyse biologique non ciblée de l'eau au CEAEQ
Organisme(s) subventionnaire(s): Min. de l'environnement de la Lutte contre les changements climatiques de la Faune et des Parcs
Type de financement: Contrat
Établissement tête: Université Laval
Du 20 août 2025 au 31 mars 2028

SYNC: Synergistic effects of pesticides and cyanotoxins on phytoplankton communities in an agricultural fluvial lake ecosystem: A case study of the Yamaska River and Lake St-Pierre
Programme: Programme d’intégration de la génomique
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Institut national de la recherche scientifique, Université du Québec - INRS
Du 1 juillet 2025 au 30 juin 2027

Sustaining Inuit-Led Assessment and risk management of Harmful Algal Blooms using omins (Ardyna)
Programme: Fonds stratégique des sciences
Organisme(s) subventionnaire(s): ArcticNet inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of New Brunswick
Du 29 avril 2025 au 31 mars 2028

Sustaining Inuit-Led Assessment and risk management of Harmful Algal Blooms using omics (SILA-HAB)-Lévesque
Programme: Fonds stratégique des sciences
Organisme(s) subventionnaire(s): ArcticNet inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of New Brunswick
Du 29 avril 2025 au 31 mars 2028

Phycotoxins in the Arctic: an emerging climate change risk (PHATE)
Programme: Fonds Nouvelle frontières en recherche - Volet Transformation
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of New Brunswick
Du 31 mars 2025 au 30 mars 2029

MICPathoScan-Ticks: Microbiome Pathogen Scanning Tick Species and Multiplex Diagnostics of Human Pathogens
Programme: Programme d’intégration de la génomique
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 31 décembre 2026

MicroPaint: a pipeline for Meta and Genomics Real-Time Monitoring of Antibiotic Resistance Pathogens
Programme: Solutions génomiques pour l’identification, la caractérisation et la surveillance de la résistance aux antimicrobiens et des pathogènes émergents
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 30 septembre 2026

RosHAB: Rapid on-site detection of harmful algal blooms
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Institut national de la recherche scientifique, Université du Québec - INRS
Du 1 octobre 2022 au 30 septembre 2026

Financements des 2 dernières années

An evidence-based preclinical framework for the development of antimicrobial therapeutics in cystic fibrosis (PIPE-CF)
Organisme(s) subventionnaire(s): Cystic Fibrosis Trust
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Liverpool
Du 1 octobre 2021 au 31 mars 2024

SENTINEL : Stopping Enteric Illnesses Early
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Guelph
Du 1 janvier 2021 au 30 juin 2025

SENTINEL : Stopping Enteric Illnesses Early - Activité 3
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Guelph
Du 1 janvier 2021 au 30 juin 2025

SENTINEL : Stopping Enteric Illnesses Early - Activité 1
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Guelph
Du 1 janvier 2021 au 30 juin 2025

A Smart Surveillance Strategy for Carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa - SAMPAN
Programme: Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance JPIAMR
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Érasme de Rotterdam
Du 1 octobre 2019 au 1 mars 2024

Anthony Piot, Stage postdoctoral en médecine

Publications des 5 dernières années

Complete Genome Sequence of Pithoascus kurdistanensis CBS 149789, an Endophytic Fungus Isolated from Papaver bracteatum Journal of Fungi, 2025/12/05. Sima Mohammadi, Jeff Gauthier, Guillaume Quang Henri Nguyen, Antony T. Vincent, Bahman Bahramnejad, Roger C. Levesque. DOI 10.3390/jof11120861

Disruption of aprF result in alkaline protease secretion-deficiency in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates that enhances host inflammatory responses via Toll-like receptor 5 The Microbe, 2025/09. Mellissa Gaudet, Matthew Marabella, Julie Bérubé, Lyvia Fourcade, Roger Lévesque, Dao Nguyen, Simon Rousseau. DOI 10.1016/j.microb.2025.100463

PDP-Miner: an AI/ML tool to detect prophage tail proteins with depolymerase domains across thousands of bacterial genomes 2025/01/22. Jeff Gauthier, Irena Kukavica-Ibrulj, Roger C. Levesque. DOI 10.1101/2025.01.20.633936

Complete genome sequence of multidrug-resistant Enterobacter roggenkampii 0-E Microbiology Resource Announcements, 2024/03/12. Jeff Gauthier, Irena Kukavica-Ibrulj, Laure Cockenpot, Vani Mohit, Jimmy Bernier, Chantal Brisson, Roger C. Levesque. DOI 10.1128/mra.01149-23

Genomic and Phenotypic Analysis of <i>Salmonella enterica</i> Bacteriophages Identifies Two Novel Phage Species Microorganisms, 2024/03. Sudhakar Bhandare, Opeyemi U. Lawal, Anna Colavecchio, Brigitte Cadieux, Yella Zahirovich-Jovich, Zeyan Zhong, Elizabeth Tompkins, Margot Amitrano, Irena Kukavica-Ibrulj, Brian Boyle, Siyun Wang, Roger C. Levesque, Pascal Delaquis, Michelle Danyluk, Lawrence Goodridge. DOI 10.3390/microorganisms12040695

Draft genome sequences of six Pseudomonas spp. and one Rheinheimera sp. isolated from oil sands process-affected water from Alberta, Canada Microbiology Resource Announcements, 2023/12/14. Kira L. Goff, Jeff Gauthier, Steven M. Shideler, Tyson Bookout, Irena Kukavica-Ibrulj, Shawn Lewenza, Roger C. Levesque. DOI 10.1128/MRA.00589-23

Mutational spectra are associated with bacterial niche Nature Communications, 2023/11/04. Christopher Ruis, Aaron Weimann, Gerry Tonkin-Hill, Arun Prasad Pandurangan, Marta Matuszewska, Gemma G. R. Murray, Roger C. Lévesque, Tom L. Blundell, R. Andres Floto, Julian Parkhill. DOI 10.1038/s41467-023-42916-w

Mutational spectra analysis reveals bacterial niche and transmission routes 2022/07/13. Christopher Ruis, Aaron Weimann, Gerry Tonkin-Hill, Arun Prasad Pandurangan, Marta Matuszewska, Gemma G. R. Murray, Roger C. Lévesque, Tom L. Blundell, R. Andres Floto, Julian Parkhill. DOI 10.1101/2022.07.13.499881

The Spruce Budworm Genome: Reconstructing the Evolutionary History of Antifreeze Proteins. Genome biology and evolution, 2022/06/07. DOI 10.1093/gbe/evac087

Liverpool Epidemic Strain Isolates of Pseudomonas aeruginosa Display High Levels of Antimicrobial Resistance during Both Planktonic and Biofilm Growth. Microbiology spectrum, 2022/06/06. DOI 10.1128/spectrum.01024-22

Draft Genome Sequences of Two Clostridium botulinum Group II Strains Carrying Phage-Like Plasmids. Microbiology resource announcements, 2022/05/18. DOI 10.1128/mra.00091-22

Application of a High-Throughput Targeted Sequence AmpliSeq Procedure to Assess the Presence and Variants of Virulence Genes in Salmonella Microorganisms, 2022/02/05. Ruimin Gao, Hongsheng Huang, Jérémie Hamel, Roger C. Levesque, Lawrence D. Goodridge, Dele Ogunremi. DOI 10.3390/microorganisms10020369

An Organ System-Based Synopsis of Pseudomonas aeruginosa Virulence. Virulence, 2021/12/01. DOI 10.1080/21505594.2021.1926408

Genome evolution drives transcriptomic and phenotypic adaptation in Pseudomonas aeruginosa during 20 years of infection Microbial Genomics, 2021/11/30. Samuel J.T. Wardell, Jeff Gauthier, Lois W. Martin, Marianne Potvin, Ben Brockway, Roger C. Levesque, Iain L. Lamont. DOI 10.1099/mgen.0.000681

Single nucleotide variants in Pseudomonas aeruginosa populations from sputum correlate with baseline lung function and predict disease progression in individuals with cystic fibrosis 2021/10/05. Morteza M. Saber, Jannik Donner, Inès Levade, Nicole Acosta, Michael D. Parkins, Brian Boyle, Roger Levesque, Dao Nguyen, B. Jesse Shapiro. DOI 10.1101/2021.10.04.21264421

Combined use of Oxford Nanopore and Illumina sequencing yields insights into soybean structural variation biology 2021/08/28. Marc-André Lemay, Jonas A. Sibbesen, Davoud Torkamaneh, Jérémie Hamel, Roger C. Levesque, François Belzile. DOI 10.1101/2021.08.26.457816

Design and Evaluation of New Quinazolin-4(3H)-one Derived PqsR Antagonists as Quorum Sensing Quenchers in Pseudomonas aeruginosa. ACS infectious diseases, 2021/08/17. DOI 10.1021/acsinfecdis.1c00175

Salmonella enterica subsp. enterica virulence potential can be linked to higher survival within a dynamic in vitro human gastrointestinal model. Food microbiology, 2021/07/31. DOI 10.1016/j.fm.2021.103877

Gene-Gene Interactions Dictate Ciprofloxacin Resistance in Pseudomonas aeruginosa and Facilitate Prediction of Resistance Phenotype from Genome Sequence Data. Antimicrobial agents and chemotherapy, 2021/06/17. DOI 10.1128/aac.02696-20

Novel antimicrobial anionic cecropins from the spruce budworm feature a poly-L-aspartic acid C-terminus. Proteins, 2021/05/24. DOI 10.1002/prot.26142

Transmission, adaptation and geographical spread of the Pseudomonas aeruginosa Liverpool epidemic strain. Microbial genomics, 2021/03/15. DOI 10.1099/mgen.0.000511

Complete Genome Sequence of a Pseudomonas Species Isolated from Tailings Pond Water in Alberta, Canada. Microbiology resource announcements, 2021/03/04. DOI 10.1128/mra.01174-20

The Pseudomonas aeruginosa whole genome sequence: A 20th anniversary celebration Advances in Microbial Physiology, 2021. Brinkman, F.S.L., Winsor, G.L., Done, R.E., Filloux, A., Francis, V.I., Goldberg, J.B., Greenberg, E.P., Han, K., Hancock, R.E.W., Haney, C.H., Häußler, S., Klockgether, J., Lamont, I.L., Levesque, R.C., Lory, S., Nikel, P.I., Porter, S.L., Scurlock, M.W., Schweizer, H.P., Tümmler, B., Wang, M., Welch, M.. DOI 10.1016/bs.ampbs.2021.07.001

Sequencing, assembly and annotation of the whole-insect genome of Lymantria dispar dispar, the European gypsy moth G3: Genes, Genomes, Genetics, 2021. Sparks, M.E., Hebert, F.O., Johnston, J.S., Hamelin, R.C., Cusson, M., Levesque, R.C., Gundersen-Rindal, D.E.. DOI 10.1093/g3journal/jkab150