Répertoire du corps professoral

Génomique et informatique de pointe en temps réel pour transformer le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses
Programme: Fonds des leaders John-R.-Evans (FLJR)
Organisme(s) subventionnaire(s): Centre hospitalier universitaire de Québec - Université Laval, Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de la Santé et des Services sociaux
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2026 au 31 juillet 2027

A novel prebiotic tailored for men combating prostate cancer
Programme: Proof-of-Principle 2025: Microbiome-based interventions
Organisme(s) subventionnaire(s): Weston Family Foundation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2025 au 1 janvier 2028

Harnessing the gut microbiome-prostate cancer crosstalk and its modulation by long-chain omega-3 to discover predictive biomarkers of risk and potential preventive strategies
Programme: Subvention d'équipe : La biologie au service de la prévention du cancer
Organisme(s) subventionnaire(s): Terry Fox Research Institute (The)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2025 au 31 octobre 2030

Harnessing Microbial Genomics and Bacterial Vesicles in Liquid Biopsies to Improve the Diagnostic of Infectious Diseases
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation de l'Université Laval
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2025 au 31 mars 2027

Genomics on liquid biopsies to diagnose the etiological agents in complicated pneumonia
Programme: Programme d’intégration de la génomique
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2025 au 31 décembre 2026

Gut microbiota biomarkers to personalize treatment of bladder cancer
Programme: Proof-of-Principle 2024: Microbial biomarkers of disease and therapeutic response
Organisme(s) subventionnaire(s): Weston Family Foundation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2024 au 30 avril 2027

Bourse de recherche Pierre-Déry
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation de l'Université Laval
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 15 octobre 2024 au 30 avril 2027

Explorer des approches innovatrices de génomique et d’intelligence artificielle pour le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses
Programme: Chercheurs-boursiers cliniciens - Juniors 1 et 2, Seniors
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2024 au 30 juin 2028

Explorer des approches innovatrices de génomique et d’intelligence artificielle pour diagnostiquer et conduire la surveillance des maladies infectieuses
Programme: Établissement de jeunes chercheurs cliniciens et jeunes chercheuses cliniciennes - Junior 1
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2024 au 30 juin 2028

Fonds de démarrage pour chercheurs en debut de carrière – Bourse de recrutement étudiant
Programme: Soutien facultaire aux jeunes chercheurs de la Faculté de médecine
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2024 au 30 juin 2028

Pediatrics Outcomes imProvement through COordination of Research Networks (POPCORN 2.0)
Programme: Fonds canadien de recherche biomédicale et Fonds d’infrastructure de recherche en biosciences
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Montréal
Du 1 avril 2024 au 30 juin 2026

National Primate Center for Pandemic Preparedness (NPCPP)
Programme: Fonds d'infrastructure de recherche en sciences biologiques (FIRSB)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de l'Enseignement supérieur
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

Financements des 2 dernières années

Harnessing cutting-edge omics to meet the need for diagnostic and surveillance in infectious diseases
Programme: Prix d'excellence de la relève
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 9 octobre 2025 au 31 mars 2026

Characterizing disease severity and epidemiology of enterovirus D-68 respiratory infections to improve management and surveillance using molecular technologies
Programme: Bourse de recherche pour chercheurs émergents
Organisme(s) subventionnaire(s): Lung Health Foundation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 12 juin 2024 au 11 juin 2025

Étude clinique pilote sur l’utilisation de technologies innovantes de multi-omique et d’intelligence artificielle pour détecter les pathogènes respiratoires chez les enfants avec la fibrose kystique.
Programme: Subvention en recherche clinique (PRCE)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation du CHU de Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 24 octobre 2023 au 1 novembre 2025

Fonds de démarrage - Nouveau chercheur
Programme: Fonds de démarrage
Organisme(s) subventionnaire(s): CHU de Québec – Université Laval – CHUL, Fondation du CHU de Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 31 mars 2026

Étude pilote sur l'utilisation des biopsies liquides pour améliorer le dépistage des pathogènes respiratoires chez les enfants atteints de fibrose kystique
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation du CHU de Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 30 septembre 2025

Développement d’outils de bio-informatique et d’intelligence artificielle pour dépister les pathogènes
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation du CHU de Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 septembre 2023 au 31 mars 2025

Antimicrobial resistance genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate
Programme: Frontières de la découverte : Résistance aux antimicrobiens dans l'environnement
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2019 au 30 novembre 2025

Yesmine Sahnoun, Maîtrise en informatique - avec mémoire

Yesmine Sahnoun, Doctorat en informatique

William Bélanger, Maîtrise en microbiologie-immunologie - avec mémoire

Maria Christina Mallet, Stage postdoctoral en médecine

Marine Boireau, Doctorat en microbiologie-immunologie

Brianna Ball, Stage postdoctoral en médecine

Publications des 5 dernières années

Machine learning for predicting clinical outcomes in emergency department patients with acute respiratory infections: A scoping review 2026/05/04. Maria Christina Mallet, Immanuel Redah, Yesmine G. Sahnoun, Hermann Nabi, Lester Darryl Geneviève, Elsa Rousseau, Venkata R. Duvvuri, Simon Berthelot, Sandra Isabel. DOI 10.21203/rs.3.rs-9521303/v1

Pairing Data Independent Acquisition and High-Resolution Full Scan for Fast Urinary Tract Infection Diagnosis 2026/03/11. Elloise Coyle, Antoine Lacombe-Rastoll, Florence Roux-Dalvai, Mickaël Leclercq, Pascaline Bories, Ève Bérubé, Clarisse Gotti, Dorte Bekker-Jensen, Nicolai Bache, Sandra Isabel, Arnaud Droit. DOI 10.64898/2026.03.09.710302

Advances in the Treatment of Enterovirus-D68 and Rhinovirus Respiratory Infections. Infectious disease reports, 2025/06/01. Rahajamanana VL, Thériault M, Rabezanahary H, Sahnoun YG, Mallet MC, Isabel S, Trottier S, Baz M. DOI 10.3390/idr17030061

Clinical presentation of Enterovirus D68 in adults with acute respiratory infections consulting in emergency departments in Quebec, Canada. IJID regions, 2025/05/14. Mallet MC, Trottier S, Baz M, Redah I, Duvvuri VR, Kozak R, Vachon ML, Daigneault P, Boissinot M, Bergeron MG, Tremblay C, Longtin Y, Huletsky A, Gilca R, Berthelot S, Isabel S. DOI 10.1016/j.ijregi.2025.100669

Empiric antibiotic prescribing practices for gram-positive coverage of late-onset sepsis in neonatal intensive care units in North America Infection Control & Hospital Epidemiology, 2025/01. Dara Simcha Petel, Sandra Isabel, Kyong-Soon Lee, Joseph Yuk Ting, David A Kaufman, Pablo Jose Sanchez, Sarah Khan, Kathryn Timberlake, James Wright, Michelle Science. DOI 10.1017/ice.2024.176

Epidemiology of carbapenemase-producing Enterobacterales carriage in a paediatric tertiary health care centre of Ontario, Canada Journal of the Association of Medical Microbiology and Infectious Disease Canada, 2024/07/19. Ana C Blanchard, Stephanie Zahradnik, Sandra Isabel, Kayur Mehta, Mohsin Ali, Adriana Airo, Laurie Streitenberger, Renee Freeman, Yvonne CW Yau, Aaron Campigotto, Manal Tadros, Michelle Science. DOI 10.3138/jammi-2023-0037

Targeted amplification-based whole genome sequencing of Monkeypox virus in clinical specimens Microbiology Spectrum, 2024/01/11. S. Isabel, A. Eshaghi, V. R. Duvvuri, J. B. Gubbay, K. Cronin, Aimin Li, M. Hasso, S. T. Clark, J. P. Hopkins, S. N. Patel, T. W. A. Braukmann. DOI 10.1128/spectrum.02979-23

Preparing for Mpox Resurgence: Surveillance Lessons From Outbreaks in Toronto, Canada The Journal of infectious diseases, 2024. Sachdeva, Herveen, Shahin, Rita, Ota, Sylvia, Isabel, Sandra, Mangat, Chand S, Stuart, Rebecca, Padhi, Shovita, Chris, Allison, Mishra, Sharmistha, Tan, Darrell H S, Braukmann, Tom W, Eshaghi, AliReza, Mejia, Edgard M, Hizon, Nikho A, Finkelstein, Michael. DOI 10.1093/infdis/jiad533

Large scale analysis of the SARS-CoV-2 main protease reveals marginal presence of nirmatrelvir-resistant SARS-CoV-2 Omicron mutants in Ontario, Canada, December 2021-September 2023 Canada communicable disease report = Releve des maladies transmissibles au Canada, 2024. Duvvuri, Venkata, Shire, Fatima, Isabel, Sandra, Braukmann, Thomas, Clark, Shawn, Marchand-Austin, Alex, Eshaghi, Alireza, Bandukwala, Hina, Varghese, Nobish, Li, Ye, Sivaraman, Karthikeyan, Hussain, Hadia, Cronin, Kirby, Sullivan, Ashleigh, Li, Aimin, Zygmunt, Austin, Ramotar, Karam, Kus, Julianne, Hasso, Maan, Corbeil, Antoine, Gubbay, Jonathan, Patel, Samir. DOI 10.14745/ccdr.v50i10a05

Inferring enterovirus D68 transmission dynamics from the genomic data of two 2022 North American outbreaks Npj viruses, 2024. Grunnill, Martin, Eshaghi, Alireza, Damodaran, Lambodhar, Nagra, Sandeep, Gharouni, Ali, Braukmann, Thomas, Clark, Shawn, Peci, Adriana, Isabel, Sandra, Banh, Philip, Du Plessis, Louis, Murall, Carmen Lia, Colijn, Caroline, Mubareka, Samira, Hasso, Maan, Bahl, Justin, Mostafa, Heba H., Gubbay, Jonathan B., Patel, Samir N., Wu, Jianhong, Duvvuri, Venkata R.. DOI 10.1038/s44298-024-00047-z

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak on an in-patient medical unit associated with unrecognized exposures in common areas—Epidemiological and whole-genome sequencing investigation Infection Control & Hospital Epidemiology, 2023/11. Dylan C. Kain, Sandra Isabel, Mariana Abdulnoor, Karel Boissinot, Richard De Borja, Amanda Filkin, Bernard Lam, Jason Li, Ilinca Lungu, Liz McCreight, Allison McGeer, Tony Mazzulli, Aimee Paterson, Philip Zuzarte, Felicia Vincelli, Cassandra Bergwerff, Ramzi Fattouh, Jared T. Simpson, Jennie Johnstone. DOI 10.1017/ice.2023.34

Swish and gargle saliva sampling is a patient-friendly and comparable alternative to nasopharyngeal swabs to detect SARS-CoV-2 in outpatient settings for adults and children Microbiology spectrum, 2023. Isabel, Sandra, Cohen-Silver, Justine, Jung, Hyejung, Tam, Bridget, Lota, Maya, Sivilotti, Marcia, Agbaje, Nancy, Schwartz, Kevin L, Wormsbecker, Anne E, Matukas, Larissa M, Chen, Yan. DOI 10.1128/spectrum.01723-23

Infectious diseases genomic surveillance capacity in the Caribbean: A retrospective analysis of SARS-CoV-2 Lancet regional health. Americas, 2023. Lucien, Mentor Ali Ber, Forde, Martin S, Isabel, Marc R, Boissinot, Maurice, Isabel, Sandra. DOI 10.1016/j.lana.2022.100411

Emergence of a mutation in the nucleocapsid gene of SARS-CoV-2 interferes with PCR detection in Canada Scientific reports, 2022. Isabel, Sandra, Abdulnoor, Mariana, Boissinot, Karel, Isabel, Marc R, de Borja, Richard, Zuzarte, Philip C, Sjaarda, Calvin P, R Barker, Kevin, Sheth, Prameet M, Matukas, Larissa M, Gubbay, Jonathan B, McGeer, Allison J, Mubareka, Samira, Simpson, Jared T, Fattouh, Ramzi. DOI 10.1038/s41598-022-13995-4

Author Correction: Emergence of a mutation in the nucleocapsid gene of SARS-CoV-2 interferes with PCR detection in Canada Scientific reports, 2022. Isabel, Sandra, Abdulnoor, Mariana, Boissinot, Karel, Isabel, Marc R, de Borja, Richard, Zuzarte, Philip C, Sjaarda, Calvin P, Barker, Kevin R, Sheth, Prameet M, Matukas, Larissa M, Gubbay, Jonathan B, McGeer, Allison J, Mubareka, Samira, Simpson, Jared T, Fattouh, Ramzi. DOI 10.1038/s41598-022-17590-5

The differential impact of pediatric COVID-19 between high-income countries and low- and middle-income countries: A systematic review of fatality and ICU admission in children worldwide PloS one, 2021. Kitano, Taito, Kitano, Mao, Krueger, Carsten, Jamal, Hassan, Al Rawahi, Hatem, Lee-Krueger, Rachelle, Sun, Rose Doulin, Isabel, Sandra, García-Ascaso, Marta Taida, Hibino, Hiromi, Camara, Bettina, Isabel, Marc, Cho, Leanna, Groves, Helen E, Piché-Renaud, Pierre-Philippe, Kossov, Michael, Kou, Ikuho, Jon, Ilsu, Blanchard, Ana C, Matsuda, Nao, Mahood, Quenby, Wadhwa, Anupma, Bitnun, Ari, Morris, Shaun K. DOI 10.1371/journal.pone.0246326

Enteric fever and COVID-19 co-infection in a teenager returning from Pakistan Journal of travel medicine, 2021. Ayoubzadeh, Sasha I, Isabel, Sandra, Coomes, Eric A, Morris, Shaun K. DOI 10.1093/jtm/taab019